Transcript Overview
| Name | gene-KPL71_018575-mRNA1 |
|---|
| Unique Name | gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 |
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| Type | mRNA |
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| Organism | Citrus sinensis (Sweet orange) |
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| Sequence length | 4661 |
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| Product | hypothetical protein |
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Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Orthologs
Syntenic blocks
Orthologs
Gene/transcripts from the same species that appear to represent the same gene
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| rna-gnl|WGS:JAHMIT|DVS6B01472.t01-exon1 | rna-gnl|WGS:JAHMIT|DVS6B01472.t01-exon1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 | Citrus sinensis | exon |
| rna-gnl|WGS:JAHMIT|DVS6B01472.t01-exon2 | rna-gnl|WGS:JAHMIT|DVS6B01472.t01-exon2_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 | Citrus sinensis | exon |
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| rna-gnl|WGS:JAHMIT|DVS6B01472.t01-CDS1 | rna-gnl|WGS:JAHMIT|DVS6B01472.t01-CDS1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 | Citrus sinensis | CDS |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 | gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 | Citrus sinensis | polypeptide |
| gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 | gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1-protein | Citrus sinensis | polypeptide |
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of gene-KPL71_018575-mRNA1 vs.
Analysis Date: 2023-04-17 ( BLAST: C. sinensis DVS_B v1.0)
Total hits: 0
| Match Name | E-value | Identity | Description | |
|---|
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InterPro
Analysis Name: InterPro: C. sinensis DVS_B v1.0
Date Performed: 2023-04-17
| IPR Term | IPR Description | Source | Source Term | Source Description | Alignment |
|---|
| None | No IPR available | MOBIDB_LITE | mobidb-lite | disorder_prediction | coord: 18..40 |
| None | No IPR available | PANTHER | PTHR33264 | EXPRESSED PROTEIN | coord: 28..171 |
Sequences
The
following sequences are available for this feature:
mRNA sequence >gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 ID=gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1; Name=gene-KPL71_018575-mRNA1; organism=Citrus sinensis; type=mRNA; length=4661bp
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TGTATAAAGTC back to topprotein sequence of gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 >gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 ID=gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1; Name=gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1; organism=Citrus sinensis; type=polypeptide; length=173bp
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MWERFYSAGFWRTASQRQRETTS back to topmRNA from alignment at CM039175.1_Chr6_DVS_B:19375044..19380024+ Legend: exonCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. > ID=; Name=; organism= ; type=; length=4981bp; location=Sequence derived from: CM039175.1_Chr6_DVS_B:19375044..19380024+ (Citrus sinensis
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ACAGCATTACTAATAGAACTTGTATAAAGTC back to topCoding sequence (CDS) from alignment at CM039175.1_Chr6_DVS_B:19375044..19380024+ >gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1 ID=gene-KPL71_018575-mRNA1_Citrus_sinensis_DVS_B_v1; Name=gene-KPL71_018575-mRNA1; organism=Citrus sinensis; type=CDS; length=522bp; location=Sequence derived from: CM039175.1_Chr6_DVS_B:19375044..19380024+ (Citrus sinensis
ATGTCTAGGCAAATAGTGTTGCGATCACCAACGGTGAACAAGAGGCAACC
GTTGTTGTTAAGCAGCAgcggcagcagcagcagcagcaacggCAGCAAGT
CAACGAGAAGCGGTGGCAGGAGCGGAAGAAGCTTTGCGGAGGTGGCGGGC
GGGACGACGGCGGAGTGCGCCGCCGTGTGCTGCTGCTGCCCGTGCGGTCT
CGTCAACTTGCTGGTGATGGCAATTTACAAACTCCCCGCGGGGCTGTGCA
GGAAGGCTTGGAAGGAGAAGCGGAAGCAGCAGCTCATTAAGAAAGGGCTT
CTGCCGAAGCGGAAGAGGAGCAAGTGTAAATGCGGGTGTGATGATCTCGA
GATGCAGATTCACCCTGTCGTGGACTTGCAGAATTGTTTGACGGATCGCG
CCATGAATTCCGATGAGTCTGAGAGGAGAGTGGTCGAATTGGAGAAGGAG
ATGTGGGAAAGATTTTACAGTGCTGGCTTTTGGAGAACCGCTTCTCAGAG
ACAGAGAGAAACCACTTCTTAA back to top
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